根管经过器械及化学处理后，腐败组织和感染的根管壁已被除去，只有深入牙本质小管和侧支根管的细菌以及根尖的病变去还需要处理。根尖周组织有丰富的血运，机体抵抗力尚能达到，而根管内的感染则必须依靠药物消毒。

　　根管消毒剂应具备的条件：

　　1. 能消灭根管内的细菌，同时对生活组织无破坏作用或破坏作用极小。但是许多强的杀菌剂往往对于组织的激惹较大，例如腐蚀剂、蛋白凝固剂。因此，用这些药物时，应当注意操作，只能在根管内起作用，尽量不超出根尖孔。

　　2. 渗透性要强。因为感染是在深部，在牙本质小管和侧支根管中，消毒剂的作用应到达深部才能有助于出去感染。

　　3. 消毒效能的时间要长，至少应能维持24小时;因为换药时间最快也要相隔一日，若效能过短，不便使用。若能维持较长的时间更好。

　　4. 遇血、血清或渗出物时不减低消毒作用。有些消毒剂如磺胺类，在局部使用时，如果遇到脓液或者坏死组织蛋白分解物时，则药效大减，这样的药物不是理想的根管消毒剂。

　　5. 在根管封药后，牙齿不变色。一些消毒力强而渗透性亦较强的药物，由于具有颜色，所以用药后，颜色渗透到牙本质小管中而使牙齿变色。如硝酸银等一些根管消毒剂，只能用于后牙根管。

　　6. 药液比较安定，以便贮存。

　　在目前尚无完全符合上述条件的理想消毒剂，在临床上常用的根管消毒药，有氯制剂、碘制剂、酚类、抗菌素。